色譜柱是液相色譜儀的最核心部件，價格相對昂貴，如避免強烈的碰撞和震動，不要讓柱床變干，避免在嚴寒環境受凍等。

1、色譜柱安裝、啟用和維護

柱頭類型和不銹鋼毛細管接頭的匹配

色譜柱是消耗品，不是儀器原配的情況很多。如果接頭和柱頭深度不匹配將會產生漏液或者死體積過大的現象。接頭比柱頭深度長，不易擰緊而漏液；接頭比柱頭深度短，柱頭內留有空隙而產生死體積，使譜帶展寬和峰拖尾。

2、溶劑的匹配轉換

色譜柱內保存溶劑和儀器系統內存留溶劑，如果和流動相不匹配，使用前需進行轉換。特別是流動相含緩沖鹽時，如保存溶劑是純有機相或有機相比例高，直接將新柱接入使用，會導致緩沖鹽在柱內結晶析出，最嚴重會將新柱永久不可逆地損壞。正相柱保存溶劑一般為正己烷，如果要轉換成HILIC柱模式使用，由于正己烷和甲醇乙腈的互溶性不好，轉換中間需用二氯甲烷或乙酸乙酯過渡。

3、正確使用緩沖鹽

緩沖鹽通常易溶于水，難溶于有機溶劑，因此緩沖鹽使用不當會使其析出，堵塞填料基質上的微孔和顆粒間的空隙，使填料板結，柱壓上升；同時阻礙了基質上鍵合的碳鏈自由舒展，使色譜柱的保留能力下降，柱效降低。緩沖鹽析出后，去除非常困難，因此，正確的使用緩沖鹽對延長色譜柱使用壽命非常重要。

4、新柱使用前的平衡和老化

廠家出廠檢驗時一般都已進行過平衡，但色譜柱到最終用戶時間不一，用戶正式測定前最好對色譜柱再次平衡。最好的平衡兼老化一起進行的方法是運行幾次完整的分析程序（包括進樣），直到觀察到峰形、保留時間和峰面積穩定為止。所謂“老化”是借用了氣相的術語，目的是達到分析物在色譜柱以及整個液相系統流路中的吸附飽和。對某些特定的待測物，如分子量大于1000的，因擴散速度慢，老化時間相應要長，可采取大濃度進樣或在同一個洗脫周期內連續進樣多針的方式加快老化。

5、pH使用范圍

一般認為硅膠基質柱子的pH使用范圍是2-8，這是很粗略的。硅膠類型、使用溫度、硅膠表面所鍵合的固定相類型以及緩沖鹽的不同，對此均有影響。硅膠比孔容小、鍵合密度大的填料pH耐受范圍要大一些，有些選用高品質硅膠，加上高密度鍵合和雙封尾，或特殊工藝使pH耐受范圍最大提高到10。磷酸鹽緩沖鹽滲透力強，有加快硅膠溶解的副作用，它的存在會降低pH使用范圍。有機雜化硅膠以及硅膠表面涂覆雜化層的硅膠填料，有機質的存在使pH使用范圍能到12以上。拿到柱子第一時間閱讀說明書，確認色譜柱內的封存液，有條件可以依照COA報告做柱效測試。

6、色譜柱保存

短期保存(隔夜或隔周末)用所用的流動相（不含緩沖鹽）保存為佳，以盡量減少下次使用的平衡時間。一般只建議在長期保存反相柱的時候用純甲醇或乙腈，一方面純有機相保存有最大限度減少鍵合相水解的作用，但純甲醇（乙腈）又會將已水解而暫時吸附在柱內的鍵合相洗脫出去，使固定相流失進程加快，壽命縮短。純有機相保存還有易揮發使柱床變干的缺點，使用80%左右有機相保存也屬好的選擇，且足以避免長菌。強烈建議在柱身上貼標簽標明保存溶劑。

離子交換柱和水性SEC柱等適合保存在水溶液中的色譜柱，可加0.05%疊氮化鈉溶液防止長菌。

正相柱，無論是短期還是長期，都推薦保存在所用流動相中。